因為三格化糞池是要每天接納新鮮糞便的，為了達到分解糞便中的有機物，殺滅病原體和去除寄生蟲卵的目的，首先要求在第一池中為厭氧微生物的繁殖創造條件，使糞便中固相有機污物在厭氧環境下發酵分解成糞液和沼氣。只要第一池建造得密封嚴密，使空氣難以漏進，這樣，原來空氣中殘存的一些氧氣很快被好氧微生物消耗掉，形成沒有氧氣存在的厭氧環境。在厭氧微生物及尿素酶作用下，含氮有機物所生成的游離氨能透過細胞膜和卵殼將致病菌和蟲卵細胞殺死。第一池糞便厭氧降解過程中，不斷出現糞塊松散，松散的糞塊因發酵形成氣泡而浮升液面，變成糞皮(浮渣)，糞皮能隔絕空氣造成良好的厭氧環境，而糞便中比重較大的物質，又因散失氣泡而下沉，變成糞渣(沉渣)，糞皮與糞渣之間常形成這種不穩定的上下梭動狀態，蟲卵因其比重大于糞液，則由糞塊中釋出并在糞液靜止或流動緩慢的條件下逐漸下沉，于是在上層糞皮和底層糞渣之間出現一層糞水。但這一過程需要有一定時間，雖然在進糞時就會有糞水從第一池流入第二池，但需要在設計時使糞水在第一池有個適當長的水力停留時間。
由于第二池不像第一池那樣受到進糞時的強烈擾動，而只是受到經連通管從第一池流過來的糞液輕微沖擊，只要第二池同樣建造得密封嚴密，便可使第二池有個較寧靜的厭氧環境。由第一池流人第二池的糞液，在相對寧靜的厭氧環境下能進一步發酵，蟲卵比第一池更快地沉入池底。同時，經第二池深度厭氧發酵后，游離氨濃度上升，殺菌能力提高；另外，為細菌提供隱蔽的糞皮和糞渣顯著減少，而糞液中的有機物含量仍舊很高，雜菌之間的拮抗作用仍舊存在，從而使有機代謝產物對病原菌及病毒能進一步發揮“殺滅作用”。故相比之下，第二池的滅菌效果和沉卵效果要稍高于第一池，按其生物學作用，第一池以發酵和沉卵為主，第二池以滅菌為主。
在設計上，應充分防止糞塊、糞皮和糞渣流人第二池，由于主要發酵量已在第一池內完成。因此在第二池內糞液的平均停留時間相對可以短一些，也就是說，池的容積可以稍小于第一池。但在具體設計時，要為水沖式戶廁在第一池內進行糞便發酵時，易能形成較厚的糞皮創造條件，同時又要為施工時便于作業，所以采取不縮小第一池容積，相應擴大第二池容積，不改變二池總的發酵停留時間的辦法來實現。圖1的施工圖就是根據這一觀點出發設計成第一池和第二池的容積相等。
三格化糞池
